お花や草木を元気にし、雨や虹を作りだす“雲”を色々な町や星に配って旅をする＜雲の国＞。雲の国で生まれた雲の赤ちゃんはばいきんまん達と出会い、ドキンちゃんに“フワリー”と名付けられ、元気いっぱいにすくすくと成長し2人は絆を育んでいきます。その頃、なぞの汚れで飛べなくなった雲の国では、雲の長老と雲の子たちがアンパンマンとなかまたちに助けをもとめますが、ばいきんまんが雲の国の王様になるために発明した黒い雲“バイグモラ”が大暴走！フワリーとドキンちゃんの友情と、アンパンマンたちが雲の国を守る為、力をあわせて立ち向かう絆と大冒険の物語！！
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